2019年9月1日（含）后，个人转让新三板挂牌公司原始股的个人所得税，以股票托管的证券机构为扣缴义务人，由股票托管的证券机构所在地主管税务机关负责征收管理。

目前争议在两处，首先是在从现在开始到2019年9月1日这一过渡期以股票受让方为扣缴义务人的规定。

高凤勇指出：“在明年9月份之前，由买方作为纳税扣缴义务人的规定，操作复杂，可行性差，使新三板成立以来一直到明年9月份的个人买方都有或有纳税风险，但是这个风险其自身又完全不可控，这一点也非常值得推敲。”

另一位北京地区的投资者告诉记者：“如果是大宗交易还能明确交易对手的身份从而明确缴税义务，但二级市场的一些交易很难知晓对方是谁以及对方转让的究竟是不是原始股，这种情况下在过渡期内会打击市场交易的积极性。”

不过这一问题仅出现在过渡期内，过渡期后由系统代为扣缴便不会再有类似的问题。

第二个争议则更加困扰目前新三板市场各方，即原始股缴税是否要溯及既往，即此前未缴的税是否要补缴。

一位北京地区新三板企业的老板12日告诉记者：“之前并没有明确这一纳税义务，有关部门现在明确了，如果要从几年前开始补的话，加上滞纳金我就卖车卖房去了。”

另一位投资者则告诉记者：“我们通过电话向税务机构进行了咨询，税务机关明确了要对原始股所得未申报的部分进行征缴。另外之前没有申报的需要缴纳滞纳金。”

记者同多位市场人士讨论后了解到，市场对于原始股部分纳税并无异议，因为目前上市公司原始股的交易所得也适用20%个人所得税，但问题在于是否应该追溯此前没有明确纳税义务时的部分。

因此新三板市场各方也希望监管层能够给出进一步的解答，前述新三板企业老板也对记者表示：“至于是否追缴有关部门对138号文适用原始股个人所得税的具体时间范围应该做进一步的明确，政策针对原始股个人所得税的规定应当从颁布之日起适用，而非溯及既往。”