与主板相比，创业板的退市规则更为严格。创业板上市公司可直接退市，而且创业板公司若较长时间交易低迷，亦将面临退市风险。

根据深圳证券交易所发布的《深圳证券交易所创业板股票上市规则（征求意见稿）》（下称征求意见稿），创业板比主板增加了三种退市情形：“上市公司财报被出具否定或者无法表示意见的报告而在规定时间不能消除的，将启动退市程序；净资产为负而未能在规定时间内消除的，将启动退市程序；上市公司股票连续120个交易日累计成交量低于100万股，限期内不能改善的，也将启动退市程序。”

公司退市后，如符合代办股份转让系统条件，可自行委托主办券商向中国证券业协会提出在代办股份转让系统进行股份转让的申请。

在主板市场，为鼓励陷入危机或财务困难的公司尽快完成重组，允许被实施退市风险警示和其他特别处理公司，在完成重大资产重组后即可向交易所申请撤销退市风险警示或其他特别处理。创业板则取消了上述相关规定。

上市公司财务会计报告被会计师事务所出具否定意见或无法表示意见的审计报告时，交易所将进行退市风险警示。如果在规定期限内仍不能消除的，将启动退市程序。

另外，交易所规定，创业板中未在法定期限内披露年度报告或中期报告的公司，最快退市时间从主板的六个月缩短为三个月。上述三种退市情形，暂停上市后根据中期报告而不是年度报告的情况来决定是否退市。