农民工工资保证金，是指在工程开工之前，由建设工程项目审批行政部门负责通知，并监督建设单位按照工程合同价款的3%向银行专户存储的工资专项资金。保证金根据省、市、县各级项目审批权限实行层级监管，并实行专户存储、专项支取，任何单位和个人不得挪用。
 
四种情况下可支取保证金
 
有下列四种情形之一时，经劳动保障部门查证属实后可以支取保证金：建设企业未依法及时结算农民工工资，拖欠农民工工资的;建设单位或建设企业非法转包、分包建设工程，导致用工主体不具有法人资格而发生拖欠农民工工资行为的;建设单位或建设企业法人代表或工程负责人隐匿逃跑或死亡，造成拖欠农民工工资的;其他被认为拖欠农民工工资的。工程交工后，建设单位在施工现场农民工集散场所公示本建设项目的竣工日期、工资结算结果等情况，公示时间不得少于15个工作日。凡无拖欠的，由银行将保证金本金及活期利息一次性退还缴费单位。

启用保证金支付农民工工资后，劳动部门将责令责任单位在30日内等额补缴已启动支付的保证金。逾期未补缴的，建设工程项目部门对在建工程予以停工，已竣工项目不予验收。同时，建设工程项目审批部门和劳动保障部门将责任单位记入信用档案，通报批评并向社会曝光;情节严重的，依法予以处罚。 

农民工工资保证金由谁缴纳?

1、办理施工许可证是甲方负责办理的，其中有一条就是民工工资保证金的凭证的事。所以是甲方办理。 
2、然后甲方再把这笔钱从施工总包单位身上扣下来。就变成是施工单位自己交的了啊。一般合同中会约定的。

农民工工资保证金制度
 
由于各个城市不一，此处以天津市为例：天津市建筑业农民工工资保证金制度实施细则

一、保证金初始收取

(一)保证金专用账户的建立

施工队伍管理站(后简称市施管站)和各区县建设行政管理主管部门开立农民工工资保证金(后简称保证金)专用账户并安排专人或部门负责保证金的收取和管理。市施管站建立保证金管理网络系统(后简称系统)实现市施管站和各区县建设行政主管部门收取保证金和保证金管理的联动。

(二)初始收取金额的核定

依据《关于建立建筑业企业农民工工资保证金制度的通知》(建筑[2009]257号)，施工总承包企业缴纳金额为100万，专业承包企业和劳务企业缴纳金额为30万，获2008年度天津市优秀诚信施工企业称号的企业2009年度可免交保证金。

(三)收取程序

1、本市注册的二级以上(含二级)施工总承包企业、一级专业承包企业和外地进津建筑业企业由天津市施工队伍管理站统一收取;本市注册的三级施工总承包企业、二级(含二级)以下专业承包企业和劳务企业按企业注册地由各区县建设行政主管部门收取;

2、保证金账户所属区县建设行政主管部门或市施管站开具缴款通知;

3、企业持缴款通知到保证金账户所在银行足额缴纳保证金;

4、企业签署关于保证金管理和使用的书面承诺书;
5、区县建设行政主管部门或市施管站开具保证金收据和《农民工工资保证金缴存凭证》;

6、企业办理缴纳保证金手续时，应携带资质证书原件和复印件。

二、保证金启动程序

(一)申请启动