三是按照现行个人所得税法规定，证券经纪人不同佣金收入的应纳税额计算有差别。《个人所得税法》第三条第四项规定，劳务报酬所得，适用比例税率，税率为百分之二十。对劳务报酬所得一次收入畸高的，可以实行加成征收，具体办法由国务院规定。《个人所得税法实施条例》第十一条规定，税法第三条第四项所说的劳务报酬所得一次收入畸高，是指个人一次取得劳务报酬，其应纳税所得额超过2万元。对前款应纳税所得额超过2万元至5万元的部分，依照税法规定计算应纳税额后再按照应纳税额加征五成;超过5万元的部分，加征十成。因此，劳务报酬所得实际上适用20%、30%、40%的三级超额累进税率。《个人所得税法》第六条第四项规定，劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得、财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元;四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。因此，证券经纪人不同佣金收入的应纳税额计算有以下几个额度的区分：每次收入不超过四千元的，收入超过四千元以上的，后者还应区分应纳税所得额不超过2万元的，超过2万元至5万元的和超过5万元的。现分别举例说明如下(以下均不考虑地方教育附加)：
【案例1】 2012年10月，张某从某证券公司A营业部获得佣金收入3 800元。按照相关税法规定，营业税税率为5%，城建税税率为营业税的7%，教育费附加征收率为营业税的3%(下同)，则张某当月应缴纳的营业税及附加=3 800×[5%x(1+7%+3%)]=209元。张某当月的展业成本=3 800×40%=1 520元，应纳个人所得税=[(3 800-1 520)-209-800]×20%=254.2元。特别说明的是，当佣金收入减除营业税及附加、展业成本的所得不超过800元的，不需缴税。假设佣金收入为X，则当X(1-40%-5.5%)=800时， X=1 467.89元，即当佣金收入不超过1 467.89元时，不需缴纳个人所得税。
【案例2】 2012年10月，王某从某证券公司B营业部获得佣金收入4 500元。王某当月应纳税所得额=4 500×(1-40%-5.5%)×(1-20%)=1 962元，应纳个人所得税=1 962×20%=392.4元。
【案例3】 2012年10月，刘某从某证券公司C营业部获得佣金收入46 000元。刘某当月应纳税所得额=46 000×(1-40%-5.5%)×(1-20%)=20 056元，应纳税所得额超过了2万元的部分，应加征五成个人所得税。根据简易计算方法，应纳税额=应纳税所得额X适用税率-速算扣除数，刘某当月应纳个人所得税=20 056×30% -2 000=4 016.8元。在这里，设需加征五成个税的佣金收入临界点为Y，则Y(1-40%-5.5%)(1-20%)=20 000，解得Y=45 871.56元。也就是说，当佣金收入超过45 871.56元时，超出部分的收入需加征五成个税。
【案例4】 2012年10月，赵某从某证券公司D营业部获得佣金收入150 000元。赵某当月应纳税所得额=150 000×(1-40%-5.5%)×(1-20%)=65 400元，应纳税额超过了5万元的部分，应加征十成个人所得税。赵某当月应纳个人所得税=65 400 ×40%-7 000=19 160元。假设加征十成个税的佣金收入临界点为Z，则43.6%Z=50 000，解得Z=114 678.9元。即当佣金收入超过114 678.9元时，超出部分需加征十成个税。

个税扣缴申报不仅限于佣金
《个人所得税法》第八条规定，个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。《个人所得税法实施条例》第三十七条规定，税法第八条所说的全员全额扣缴申报，是指扣缴义务人在代扣税款的次月内，向主管税务机关报送其支付所得个人的基本信息、支付所得数额、扣缴税款的具体数额和总额以及其他相关涉税信息。全员全额扣缴申报的管理办法，由国务院税务主管部门制定。
因此，《公告》规定，证券公司是证券经纪人个人所得税的扣缴义务人，应按照《国家税务总局关于印发〈个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法〉的通知》(国税发[2005]205号)规定，认真做好个人所得税全员全额扣缴报告工作。
《个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法》第四条规定，实行个人所得税全员全额扣缴申报的应税所得包括：
(一)工资、薪金所得;
(二)劳务报酬所得;
(三)稿酬所得;
(四)特许权使用费所得;
(五)利息、股息、红利所得;
(六)财产租赁所得;
(七)财产转让所得;
(八)偶然所得;
(九)经国务院财政部门确定征税的其他所得。
《个人所得税全员全额扣缴申报管理暂行办法》第八条规定，扣缴义务人在税法规定的期限内解缴代扣税款时，应向主管税务机关报送《扣缴个人所得税报告表》、《支付个人收入明细表》和个人基础信息。也就是说，证券公司为正确经纪人扣缴申报个人所得税时，要注意除了佣金收入外，证券经纪人取得的上述其他收入都应该申报扣缴，并且要报送上述表格和信息。