《若干意见》依法提高了资本市场违法违规成本。在刑事审判方面，《若干意见》对各级法院严厉打击干扰注册制改革的证券犯罪和金融腐败犯罪提出了明确要求，发行人与中介机构合谋串通骗取发行注册，以及发行审核、注册工作人员以权谋私、收受贿赂或者接受利益输送的，要依法从严追究刑事责任；对于证券金融犯罪分子，提出要严格控制缓刑适用，依法加大罚金刑等经济制裁力度。《意见》还提出，对于恶意骗取国家科技扶持资金或者政府纾困资金的企业和个人，要依法追究刑事责任。

中信证券合规总监张国明指出，这项规定对改革实施过程中可能出现的违法情况，给出了法律依据，各家券商要不断强化从业者的廉洁从业、合法经营意识，建立健全规章制度，加强对违法违规行为的预防、威慑和惩处，强化纪律约束，一旦发现与发行人合谋骗取发行注册行为的，要坚决予以惩处，不包庇不姑息。

丁建强也指出，最高法从“不造假、不卖假、不买假”等三方面对发行人、中介机构、投资者等三类主体提出了严格的要求，强调科创板及资本市场是法律法规治理下的、遵循市场经济规律的市场，威慑市场各类参与主体，要对市场有敬畏之心、对法治有敬畏之心，不可以视规则为无物，不可以假借市场自由之名游戏法律。

在民事审判方面，《若干意见》重点围绕科创板信息披露特点和发行人内部人参加新股配售等制度，对审理科创板证券欺诈民事案件进行了规定，对发行人的高级管理人员和核心员工通过专项资产管理计划参与发行配售持有上市公司股份的，推定其对发行人虚假陈述行为知情，对其相关虚假陈述的民事赔偿主张，依法不予支持。还扩大了上海金融法院集中管辖的案件范围。

华泰联合证券合规总监李洪涛表示，制度设计更有利于投资者合法权益的保护。一方面，对证券侵权案件实行集中管辖，可大大降低执法和维权成本，提升法律适用的一致性，实施司法判罚标准化，方便了投资者诉讼；另一方面，规则还拟通过配套程序设计、提高投资者举证能力等方式，使投资者在诉讼仲裁过程中，更加合理有效地举证，充分保护投资者权益。