2013年12月13日，《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》第六条提到：国务院有关部门应当加强统筹协调，为中小微企业利用全国股份转让系统发展创造良好的制度环境，“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理。”

实际上，上述国务院文件也表明新三板为中小企业提供公开转让股份，进行股权融资、债券融资等服务，转让的是新三板企业股权，非上市公司股份股权。

“对于新三板是股权转让还是金融商品转让，目前争议很大，各个地税局有不同的看法，仍然没有一个定论。”上述税务副总监表示。

私募基金是金融机构吗

上述免税优惠政策还规定，金融机构同业之间往来利息是免征税收的，例如同业拆借之类的业务往来免税。

那么，多达2万多家的私募机构，是否属于证券投资基金，从而位列金融机构，适用金融机构同业之间免征税收优惠政策也存在争议。

截至今年10月底，中基协已登记私募基金管理人21628家，已备案私募基金63248只，管理基金规模10.77万亿元，私募基金与其他金融机构之间往来密切。

根据税务文件，金融机构指银行、信用社、证券公司、金融租赁公司、证券基金管理公司、财务公司、信托公司、保险公司和证券投资基金，以及“一行三会”批准成立的其他金融机构。

“私募基金是否属于证券投资基金，能否使用金融机构同业间免税政策也存在较大争议。”上述税务副总监称。

创新业务应税与否

还有一大争议在于券商大集合的增值税处理问题。

大集合属于历史遗留概念，分为限定性集合管理产品和非限定性集合管理产品。自2013年6月1日新基金法出台后，证券公司投资者超过200人的集合资产管理计划将被定性为公募基金，应当纳入新基金法，不再使用证券公司资产管理业务相关规定。

证监会规定，新基金法正式施行前，证券公司已经设立的投资者超过200人的集合资产管理计划，按照法不溯及既往原则，将依法受到保护，一些券商将存续期的大集合产品合同进行修改，扩大投资范围，并可以重新打开申购，这种做法得到了监管层的默许，目前市场上存续的大集合产品主要是2013年前发行的。

“券商大集合原先营业税比照公募执行，但是目前没有优惠政策，我们认为不管是差价收入还是利息收入，都应当缴纳增值税。”中汇税务集团技术总监赵国庆表示。

此外，因金融业务模式复杂且产品具有多样性，仍有不少创新型业务难以界定增值税的应税与否以及税目归属。