当ETF的二级市场价格高于其基金份额参考净值(IOPV)一定幅度时，投资者可用相对较低的价格申购ETF份额，以较高的价格在二级市场卖出获得套利收益；当ETF二级市场价格低于IOPV一定幅度时，投资人可以反向操作。该种套利模式需要投资者有一定的资金基础，过少资金无法操作。
期货现货市场间套利
期货现货市场间套利是利用指数期货和ETF(代表一篮子股票现货)之间偏差赚取利润。如以沪深300指数期货为交易标的的套利。市场中有一些投资者，会利用期货现货市场与沪深300指数高度同步、偶有偏差的ETF来套利。
不同盯住指数间套利
如果投资者判断虽然市场的整体方向向上，但是盯住A行业的ETF前景比盯住B行业的更好，投资者就可以通过卖出盯住B行业ETF，同时买入盯住A行业ETF，从而获得两支ETF之间的差价。
另外一种是ETF和盯住指数之间的套利。
有些基金公司采用代表性复制法组建ETF，通过优选部分成分股复制指数来降低交易成本。选择使用代表性复制法的ETF没有完全复制盯住指数中的成分证券，因此在ETF和盯住的指数之间不时存在变动方向和变动幅度的不同步。
