以2018年年报数据为例，张夏表示，上市公司在收到问询函当日的股价波动并不明显，而在其后的1~5个交易日则会取得较为明显的负收益，而30个交易日过后问询函对于股价的冲击基本已经消退。而因大股东占用资金以及违规担保被问询公司的负收益效应最为显著，特别是在问询函下发之前股价已经出现明显波动。因此，收到问询函在一定程度上会增加股价的波动性，特别是违规担保及占用资金的情形对于股价的冲击较大。

张夏进一步指出，一般在收到问询函当日的涨跌幅均值为-0.18%，负收益的公司数量略多于正收益的公司数量；在收到问询函后的1~5个交易日内上市公司股价下滑较为明显，从收到问询函当天至5天后的收益率均值大约为-0.98%。

申万宏源证券金融工程分析师曹春晓也表示，从市场的角度而言，上市公司被发年报问询函，或回复问询函都有可能产生一定的市场反应。从年报问询函机制来看，有几个重要时间点需要关注：问询日、披露日、要求回复日、回复日、再次问询日(如有)等。

曹春晓同样指出，虽然年报问询函本身是较为中性的监管措施，但是其负面影响较为明显。

记者统计发现，问询函对相关公司的“负面效应”在2019年年报披露期间同样生效。截至4月13日收盘，40份年报问询函涉及的39家上市公司股价自问询函下发以来平均下跌1.08%，比上证指数平均多跌1.29个百分点，其中，23家公司股价相对上证指数出现下跌，占比近六成。