随着粤港澳大湾区开始进入“落子”阶段，分析人士指出目前粤港澳大湾区虽然有了一系列发展“共振”的基础，但实际上基础设施互联互通的解决方案相对容易，三地接下来面临“最难啃的骨头”将是如何突破制度上的壁垒：“一个国家、两种制度、三个关税区、四个核心城市”的格局，这是粤港澳大湾区最大的特点，同时也是难点和痛点所在。要实现这项战略，有许多具体的、艰难的工作有待推进。粤港澳是三个关税区、三个货币区、三个合同区、三个法律区、三个教育区，要实现有别于过去三四十年的新协调、新合作、新互动，就不能不对这“五个三”做更大的触动。

“我以前在广州有一家公司，经常遇到有员工在做项目之前，需要到香港培训两个星期到一个月的时间，那他能用什么样的签证到香港？如果他是工作性质，但他没在香港领取工资，那我很难帮他去申请工作签证，因为我首先得证明这工作在香港完全找不到员工来做，还得是高级人才才能引进他；但是他又不是来旅游，所以我那时完全找不到任何方式去解决，只能让他用旅游签形式在香港呆一星期后返回内地，下周又再回香港。”全国人大代表、深圳前海管理局香港事务首席联络官洪为民向中国证券报记者表示，这一现象虽是小事例，但实际上反映了内地与香港在交往上仍有一些“不便”。同时，由于他个人是香港居民身份，因此到内地工作生活时同样会遇到一些不便。

而作为一家从深圳成长起来而又在香港上市的互联网巨头掌门人，全国人大代表、腾讯公司董事局主席马化腾对此深有体会：“我们也会和香港方面沟通，比如在出入境、人才流动方面，他们有时候会抱怨，港澳同胞到内地看到使用微信支付很方便却用不了。这是因为在内地的金融机构以及网络服务方面，港澳同胞的身份证没有办法像内地身份证可以核实真伪，照片是不是符合要求等等。没有这样的条件，很多服务是用不了的。”

因此，在今年两会期间，洪为民和马化腾均建议要在国家层面建立三地的协调与统筹机制，突破制度壁垒，根据市场的规律，促进人才、资金等各种要素的流动。促进大湾区“决策共商”，加快推动在发展关键领域取得突破，建议在中央层面设立发展协调领导小组，由三地政府具体落实决策；在区域、民间层面成立由知名企业、智库、社会组织组成的粤港澳大湾区发展委员会，定期提出具体诉求、提供研究支持，形成大湾区发展决策和咨询的双轨机制。

合作创新优势明显

从众多观点来看，要真正发挥粤港澳大湾区的优势，未来主要着力点将是聚焦创新。从世界三大湾区来看，在《财富》杂志2015年世界企业500强中，纽约、旧金山、东京湾区企业占据28个、22个和60个；创新能力方面，2016年BCG发布全球最具创新的50个公司中，纽约、旧金山、东京分别有6个、12个和2个公司入榜，这些湾区的共同特征就是创新能力极强。

数据显示，目前粤港澳大湾区创新能力基本达到创新型国家或地区水平，未来将成为中国参与全球化竞争的重要阵地。粤港澳大湾区涌现出一批世界领先的创新型企业，这些企业的PCT国际专利申请数量占全国的一半，接近韩国的申请总量。但同时，在科技创新方面，粤港澳大湾区四大核心城市均有各自的优势，也有软肋和不足，科技创新因此成为粤港澳大湾区核心城市的共同需求。

无人机企业大疆的成功案例就体现了大湾区合作创新的巨大优势，在一个新兴的产业领域里，很少有中国企业能占据世界领先的位置。大疆很好地利用了深圳完善的产业链和运营成本优势，同时把市场定位在全球市场，整合了多地的资本、技术和人才优势。

同时，粤港澳大湾区虽然因为制度不同形成了一些交流上的障碍，但“一个国家、两种制度、三个关税区、四个核心城市”的特点同样也是其真正区别于其他世界三大湾区的优势所在。